石狮市纪委、市监委合署办公，组织机构包括内设机构、下属事业单位和派驻纪检监察组。内设机构具体为：办公室、组织和宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室、纪检监察干部监督室。
石狮市委巡察工作领导小组办公室为市委工作部门，设在市纪委。
此外，还有下属事业单位为：石狮市纪检监察信息技术中心。设有市纪委监委派驻纪检监察组。
内设机构及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草市纪委监委有关综合文稿，编报信息、简报；督促检查有关工作部署的落实情况等。
组织和宣传部：根据干部管理权限，负责全市纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；组织和指导全市纪检监察系统干部教育培训工作；负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究等。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作,推动管党治党政治责任落实等。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对市纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理,履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检机构线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；监督检查全市各级纪检监察机构依纪依法安全办案情况等。
第一至第六纪检监察室：主要履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位领导班子及市委管理的干部遵守、执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位党委(党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委及纪委监委派驻（出）机构落实纪检、监察责任,实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合、协调、指导联系单位的纪检监察工作等。
案件审理室：负责审理市纪委监委直接审查调查和乡（科）级党的组织、纪检监察机构报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对市纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉案件、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请、复审案件等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查全市纪检监察系统干部遵守和执行党的章程以及其他党内法规,遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
市委巡察工作领导小组办公室：负责向市委巡察工作领导小组报告工作情况，统筹协调、指导督导、服务保障巡察工作等。
石狮市纪委监委派驻机构
1. 市纪委监委驻党群系统纪检监察组
2. 市纪委监委驻政府综合系统纪检监察组
3. 市纪委监委驻政法系统纪检监察组
4. 市纪委监委驻经济系统纪检监察组
5. 市纪委监委驻教育系统纪检监察组
6. 市纪委监委驻财政系统纪检监察组
7. 市纪委监委驻城建系统纪检监察组
8. 市纪委监委驻农业系统纪检监察组
9. 市纪委监委驻文体卫生系统纪检监察组
10. 市纪委监委驻市公安局纪检监察组
11. 市纪委监委驻市人民法院纪检监察组
12. 市纪委监委驻市人民检察院纪检监察组
